การค้นพบโดยบังเอิญของเฟลมมิงและการสกัดสารเพนนิซิลินในเดือนกันยายน 1928 เป็นจุดเปลี่ยนของการแพทย์สมัยใหม่ เป็นยุคของการใช้ยาปฏิชีวนะ ซึ่งตัวยาเพนนิซิลินได้ถูกใช้รักษาชีวิตคนจำนวนหลายล้านคนจนถึงปัจจุบันจากการค้นพบดังกล่าว ทำให้เขาได้รับรางวัลโนเบลในสาขาสรีรวิทยาหรือการแพทย์ในปี 1945 นอกจากนี้ยังได้รับการยกย่องจากสถาบันต่างๆ เช่น มหาวิทยาลัยลอนดอน สถาบันรอยัล พอลีเทคนิค (ปัจจุบันคือ มหาวิทยาลัยเวสมินสเตอร์) และได้รับการแต่งตั้งเป็นอัศวินจากพระเจ้าจอร์จที่ 6